מצבה של המשפחה שנאלץ מרתין להשאיר אחריו בגרמניה הוסיף להתדרדר. אדמונד אפשטיין נחשב לאמיץ וחסר פחד. בשנת 1938 הוא סירב להוסיף את לשמו את השם הפרטי ״ישראל״ שהוסיפו הגרמנים במרשם התושבים הרשמי לכל יהודי. בסוף הכפייה הגיעה גם אליו. באפריל שנת 1942הוא נשלח לאיזביצה יחד עם אשתו בלונדי, בתו הלנה, בעלה ליאופולד וינברגר ונכדתו בת השלוש מואב. אף אחד מהם לא שרד.אחותו של מרתין גרטרוד אפשטיין הצליחה לברוח לניו יורק בשנת 1940. אחותו מטה שרדה את מחנות הריכוז בריגה ובשטוטהוף. אחר המלחמה היגרה גם היא לניו יורק.